A la mort de Louis XIII, qui survient quelques mois après celle de Richelieu, s’instaure la Régence avec Anne d’Autriche secondée par le Cardinal Mazarin.
Si Richelieu n’a jamais aimé les Mousquetaires du Roi et en particulier la personne de Tréville, on peut dire que Mazarin porte l’inimitié envers ce dernier à son paroxysme.
Rapidement, Mazarin obtient un pouvoir immense, presque aussi absolu que son prédécesseur et l’indépendance de Tréville l’irrite. D’autant plus que ce dernier affiche clairement sa position qui consiste à continuer à servir le Roi, soit donc la Couronne seule, et toujours sans concession aucune.
Par ailleurs, Mazarin avait des projets très personnels concernant la Compagnie des Mousquetaires à la tête de laquelle il souhaitait mettre son neveu Mancini.
Une guerre sourde commence entre les deux hommes.
Mazarin essaie la rouerie et la flatterie, mais c’est un terrain sur lequel ne s’enlise pas Tréville. Il tente ensuite de l’excéder à l’extrême, notamment en l’obligeant à n’engager aucun mousquetaire sans qu’il n’ait été, au préalable, présenté au Roi (un enfant), ou en écartant systématiquement tous ceux que Tréville recommandait.
Au cours de leur querelle, Tréville résiste et se bat pour protéger ses acquis, s’en remet parfois même à l’arbitrage de la Reine pour lui rappeler ses nombreux et loyaux services et l’amitié qui l’unissait au feu Roi Louis XIII.
Plus que tout, Tréville n’avait aucune intention de démissionner de sa charge de Capitaine-Lieutenant de la Compagnie.
« M. De Tréville qui, pour avoir perdu le feu Roi qui avait été son soutien contre les assauts que lui avaient livrés le Cardinal Richelieu, n’avait rien rabattu de sa fierté, crut qu’après avoir résisté à la puissance d’un homme comme celui-là, il pourrait bien résister encore à celle de celui-ci. Ainsi, n’étant pas plus complaisant envers l’un qu’il l’avait été envers l’autre, il tint ferme contre lui, sans vouloir écouter toutes ses promesses. Il répondit à ceux qui lui en parlèrent de sa part, que cette charge lui ayant été donnée comme le prix de ses bonnes actions, il voulait la conserver tout autant qu’il aurait un moment de vie. Il était bien aise que Sa Majesté l’en trouvant revêtu à sa majorité, il se pût informer de c eux qui approcheraient alors le plus près de sa personne, des raisons qui avaient pu obliger le feu Roi son père en l’en revêtir plutôt qu’un autre. »
Courtilz de Sandras
Mazarin tente encore la médisance, mais se heurte à la fidélité des Mousquetaires envers leur Commandant qu’ils apprécient et respectent.
« Cette situation sans issue ne pouvait se prolonger très longtemps. La compagnie justifiait par son excellente tenue toues les convoitises du Cardinal ; elle gardait une discipline très contraignante. Habitués à vivre ensemble, les Mousquetaires s’estimaient grandement. Pas un d’entre eux qui ne soit un brave : on était particulièrement exigeant sur le courage individuel. L’esprit de corps était très puissant parce que fondé sur une amitié et une confiance réciproques entre tous les hommes de chaque détachement. La compagnie était devenue la meilleure école pour apprendre à la fois le métier de soldat et les devoirs de l’homme de cour. »
Arnaud Jacomet
Mazarin était tellement obnubilé par son conflit avec Tréville qu’il ne voyait, dans la Compagnie, qu’un « dangereux foyer de sédition ». Devant son incapacité à faire fléchir Tréville et obtenir gain de cause, il choisit la solution radicale qui consiste à casser définitivement la Compagnie.
En 1646, par ordonnance du Roi, il obtient ainsi la cassation de la Compagnie des Mousquetaires. Pour que cette mesure soit acceptée publiquement, Mazarin prétexta le coût trop élevée de la dite Compagnie qui occasionnait ainsi à l’État, des dépenses non nécessaires.
Les Mousquetaires furent alors dispersés dans les autres corps militaires existants.